En 1979, Pierre Michaut ouvre à Nantes une librairie, L’Atalante, spécialisée en cinéma, policier et science-fiction, qu’il installe rue des Vieilles-Douves à l’automne 1986. À l’activité de libraire s’ajoute dès 1982 une activité d’éditeur tournée vers le cinéma avec un premier titre, Les Mémoires de Groucho Marx, qui rencontre un succès immédiat.
En 1988 La bibliothèque de l'évasion voit le jour ; on y trouve toutes les littérature de genre de l'époque : science-fiction, policier, aventure, épopée, roman historique. Mais compte tenu du succès dès 1993 du « Disque-monde » de Terry Pratchett et des Guerriers du silence de Pierre Bordage, le poids de la science-fiction va grandissant, au point que L'Atalante se consacre quasi exclusivement aux littératures de l'imaginaire à partir des années 2000.
Au gré de l’accroissement de la production, des postes sont créés ; L’Atalante, transformée en Scop en 2012, publie désormais 35 livres par an en formats papier et numérique.
En 2021, L'Atalante renoue avec le polar et lance la collection Fusion sous l'égide de Caroline de Benedetti et Emeric Cloche.